โฮเซ โบนิยา (สเปน: Jos? Bonilla) เป็นนักมวยสากลชาวเวเนซุเอลา เกิดเมื่อ 19 พฤศจิกายน พ.ศ. 2510 ที่เมืองเอลติเกร รัฐอันโซอาเตกี ประเทศเวเนซุเอลา เสียชีวิตด้วยโรคหอบหืดเมื่อ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2545 รวมอายุได้ 35 ปี สถิติการชก 33 ครั้ง ชนะ 27 (น็อก 14) เสมอ 1 แพ้ 5
โบนิยาขึ้นชกมวยสากลครั้งแรกเมื่อ 10 มีนาคม พ.ศ. 2533 ชนะคะแนนอาเลกซิส ดิอัซ ที่เวเนซุเอลา จากนั้นขึ้นชกชนะรวด จนได้ชิงแชมป์เวเนซุเอลารุ่นฟลายเวตเมื่อ 20 พฤศจิกายน พงศ. 2535 ซึ่งโบนิยาชนะคะแนนเอดิซอน ตอร์เรส ได้แชมป์มาครอง จากนั้น โบนิยาขึ้นชิงแชมป์ WBA Fedelatin รุ่นฟลายเวตเมื่อ 17 เมษายน พ.ศ. 2536 ชนะคะแนนฮูลิโอ กูดิญโญ ได้แชมป์มาครอง ป้องกันตำแหน่งไว้ได้สองครั้ง ก่อนจะเสียแชมป์ แพ้น็อกเฮซุส โรฮัส ยก 11 เมื่อ 26 พฤศจิกายน พ.ศ. 2536 จากนั้น โบนิยาลดรุ่นลงไปชิงแชมป์ WBA Fedelatin รุ่นมินิมัมเวต ปรากฏว่าแพ้น็อกโรเซนโด อัลบาเรซ ยก 11 เมื่อ 23 กันยายน พ.ศ. 2537 จากนั้น ขึ้นชิงแชมป์เวเนซุเอลารุ่นฟลายเวตเมื่อ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2538 ก็เป็นฝ่ายแพ้น็อกฮิลเบร์โต กอนซาเลซ ยก 4
จากนั้น โบนิยาลดรุ่นไปชิงแชมป์เวเนซุเอลารุ่นไลต์ฟลายเวต เมื่อ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2539 ปรากฏว่าชนะคะแนนการ์โลส อัลเบร์โต โรดริเกซ ได้แชมป์มาครอง ป้องกันตำแหน่งไว้ได้ 1 ครั้ง ก็ได้เดินทางมาชิงแชมป์โลกรุ่นฟลายเวต สมาคมมวยโลก เมื่อ 24 พฤศจิกายน พ.ศ. 2539 ซึ่งเป็นฝ่ายชนะคะแนนแสน ส.เพลินจิต ไปอย่างเป็นเอกฉันท์ จากนั้น ชกป้องกันตำแหน่งไว้ได้ 3 ครั้ง ก่อนจะเสียแชมป์ แพ้คะแนนอูโก ราฟาเอล โซโต เมื่อ 29 พฤษภาคม พ.ศ. 2541 ต่อมา ขึ้นชิงแชมป์เฉพาะกาลรุ่นฟลายเวต สมาคมมวยโลก เมื่อ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2541 ก็เป็นฝ่ายแพ้คะแนนเมาริตซีโย ปัสตรานา ไป โบนิยายังขึ้นชกต่อมาอีกระยะหนึ่ง หลังจากที่ชิงแชมป์ WBA Fedelatin รุ่นฟลายเวต ชนะคะแนนโฮเซ เด เฮซุส โลเปซ เมื่อ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2542 ก็ไม่ได้ขึ้นชกมวยอีกจนเสียชีวิตใน พ.ศ. 2545 รวมอายุได้ 34 ปี